進出口貨物之申報（報關），可由納稅義務人或貨物輸出人向海關辦理或委託報關業者代為辦理。進口：運輸工具進口日之翌日起 15 日內向海關申報。出口：運輸工具結關或開駛前之規定期限內向海關申報。
現出口廠商確定出貨明細後，則須提供文件給報關業者進行報關作業，提供之文件基本上應包含發票和包裝明細，之內容。發票亦可以訂單或預約發票取代，但其內容需與實際出貨明細相符。
海關編製之進、出口報關匯率，每月上、中、下旬各變動一次，每旬報關匯率係採用報關前一旬中間日(每月5、15、25日，如遇例假日則往前推算)台灣銀行掛牌公告匯率。其未掛牌部分按報關前一旬中間日經濟日報刊載紐約外幣兌換美元收盤價格折算之。台灣銀行「賣出匯率」為進口報關匯率，台灣銀行「買入匯率」為出口報關匯率。
承運入境檢查分設有 紅線（應申報）檯與綠線（免申報）檯通關檢查通道，以便迅速辦理入境旅客的通關手續。入境旅客攜帶管制或限制輸入之行李物品，或有應申報事項者，應填寫「中華民國海關申報單」向海關申報，並經 紅線檯通關：
★切勿替他人攜帶物品：若所攜帶的物品是禁止、管制或需繳稅物品，旅客必須為這些物品負責。
★攜帶錄音帶、錄影帶、唱片、影音光碟及電腦軟體、八釐米影片、書刊文件等著作重製物入境者，每一著作以1份為限。
★紅綠線檯通關檢查：入境旅客必須自行決定應該使用哪個通道通關，選擇綠線檯將被視為未攜帶任何須申報物品。入出境旅客如對攜帶之行李物品應否申報無法確定時，請於通關前向海關關員洽詢，以免觸犯法令規定。
★入境行李檢查:旅客自行打開行李供海關檢查，並在檢查完後收拾行李。
★毒品、槍械、彈藥、保育類野生動物及其產製品，禁止攜帶入出境，違反規定經查獲者，將依「毒品危害防制條例」、「槍砲彈藥刀械管制條例」、「野生動物保育法」、「海關緝私條例」等相關規定懲處。
出境旅客如有下列情形之一者，應向海關報明：
攜帶超額新臺幣、外幣、人民幣現鈔、有價證券（指無記名之旅行支票、其他支票、本票、匯票、或得由持有人在本國或外國行使權利之其他有價證券）、黃金及其他有洗錢之虞之物品（總價值逾等值新臺幣50萬元，且超越自用目的之鑽石、寶石及白金）者。
攜帶貨樣或其他隨身自用物品（如：個人電腦、專業用攝影、照相器材等），其價值逾免稅限額且日後預備再由國外帶回者。
旅客隨身攜帶非屬樣品出口(特殊物品通關)。
